sIn Deutschland gibt es eine Vielzahl von Institutionen, an denen Herbarien gehalten werden. In der Regel sind die Daten noch nicht in elektronischer Form verfügbar. In einigen Fällen (Makroalgen der südlichen Nordsee, Makroalgen der südlichen Ostsee) wurde aber bereits mit der Digitalisierung von Belegen begonnen und die Daten über das GBIF-Portal zur Verfügung gestellt. Insbesondere kleine Herbarien sind oft gar nicht oder nur in sehr beschränktem Maße zugänglich, so daß die dort vorhandenen regionalen Informationen oft nicht bearbeitet werden können.
Der Index Herbariorum ist die internationale Plattform für die Präsentation von Herbarien. ZEFOD ist eine deutschlandweite Erfassungsstelle für biologische Sammlungen. Nachfolgende Tabelle gibt einen Überblick über die bisher in Deutschland registrierten Herbarien. Darüber hinaus verfügen auch einige ausländische Herbarien über einen nennenswerten Umfang von Characeen-Belegen aus Deutschland.
| * | Herbarium des Instituts für Biologie I der Technische Hochschule Aachen |
| * | Herbarium am Naturkundlichen Museum Mauritianum Altenburg |
| * | Naturwissenschaftliches Museum Aschaffenburg |
| * | Herbarium des Kreisheimatmuseums Bad Frankenhausen |
| B | Botanischer Garten und Botanisches Museum Berlin-Dahlem, Zentraleinrichtung der Freien Universität Berlin |
| BHU | Humboldt-Universität zu Berlin (Belege integriert in B) |
| BHUPM | Museum für Naturkunde, Berlin |
| BIEL | Universität Bielefeld |
| BNL | Bundesamt für Naturschutz, Bonn |
| * | Botanisches Institut und Botanischer Garten der TU Braunschweig |
| BOCH | Ruhr-Universität Bochum |
| BONN | Botanisches Institut und Botanischer Garten der Universität Bonn |
| BREM | Übersee-Museum, Bremen |
| BRM | Alfred-Wegener-Institut für Polar- und Meeresforschung, Bremerhafen |
| BSB | Freie Universität Berlin |
| BTU | Technische Universität Berlin |
| * | Naturkunde-Museum Coburg |
| * | Museum der Natur und Umwelt Cottbus |
| * | Herbarium des Naturwissenschftlichen Vereins Darmstadt |
| DANV | Umweltamt Darmstadt |
| * | Herbarium des Lippischen Landesmuseums, Detmold |
| DORT | Botanischer Garten Rombergpark, Stadt Dortmund |
| DR | Technischen Universität Dresden |
| DUIS | Universität Duisburg |
| * | Herbarium des Löbbecke-Museum und Aquazoo, Düsseldorf |
| DUSS | Universität Düsseldorf |
| ER | Universität Erlangen-Nürnberg |
| ERZ | Fürstin-Eugenie-Institut für Arzneipflanzenforschung |
| ESS | Universität Essen |
| FB | Albert-Ludwigs Universität, Freiburg |
| FBMN | Museum für Naturkunde, Freiburg |
| FR | Forschungsinstitut Senckenberg, Frankfurt/Main |
| FRP | Palmengarten, Frankfurt/Main |
| FULD | Verein für Naturkunde in Osthessen, Fulda |
| * | Herbarium des Vonderau Museums Fulda |
| GAT | Institute of Plant Genetics and Crop Plant Research, Gatersleben |
| * | Museum für Naturkunde und Botanischer Garten, Stadt Gera |
| GFW | Ernst-Moritz-Arndt-Universität, Greifswald |
| GI | Justus-Liebig-Universität, Giessen (im 2. Weltkrieg zerstört) |
| GLM | Staatliches Museum für Naturkunde Görlitz |
| GOET | Universität Göttingen |
| * | Nationalpark Bayerischer Wald, Herbarium, Grafenau |
| HAL | Martin-Luther-Universität, Halle |
| HAN | Universität Hannover (Belege integriert in HBG) |
| HAQ | Institut der Technische Hochschule (RWTH), Achen (Belege integriert in W) |
| HBG | Institut für Allgemeine Botanik, Hamburg |
| HEID | Universität Heidelberg |
| HOH | Universität Hohenheim (210) |
| ISIS | Naturforschende Gesellschaft Isis (Belege integriert in GLM) |
| JE | Friedrich-Schiller-Universität Jena |
| KAS | Universität Gesamthochschule Kassel |
| KASSEL | Naturkundemuseum im Ottoneum |
| KIEL | Universität Kiel |
| KOELN | Universität Köln |
| KONL | Bodensee-Naturmuseum, Konstanz |
| KR | Staatliches Museum für Naturkunde, Karlsruhe |
| LEUN | Bischöfliches Gymnasium Josephinum, Hildesheim |
| LUB | Naturhistorisches Museum zu Lübeck (im 2. Weltkrieg zerstört) |
| LZ | Universität Leipzig |
| M | Botanische Staatssammlung München |
| MB | Philipps-Universität, Marburg |
| MJG | Johannes Gutenberg-Universität, Mainz |
| MNHM | Naturhistorisches Museum Mainz/Landessammlung für Naturkunde Rheinland-Pfalz |
| MSB | Ludwig-Maximilians-Universität, München |
| MSTR | Westfälisches Museum für Naturkunde, Münster |
| MSUN | Westfälische Wilhelms-Universität, Münster |
| NHV | Institut für Landwirtschaftliche Botanik, Bonn (Characeenbelege z. Zt. nicht auffindbar) |
| * | Herbar des alten Südtondern-Kreises des Naturkundemuseums Niebüll |
| NKME | Naturkundemuseum Erfurt |
| * | Herbarium des Museums des Oberbergischen Kreises, Nümbrecht |
| * | Herbarium der Museen der Stadt Olbernhau |
| * | Herbarium des Landesmuseums für Natur und Mensch Oldenburg |
| OLD | Universität Oldenburg |
| OSBU | Universität Osnabrück |
| OSN | Museum am Schölerberg, Natur und Umwelt, Osnabrück |
| POLL | Pfalzmuseum für Naturkunde, Bad Dürkheim |
| REG | Universität Regensburg |
| ROST | Universität Rostock |
| * | Herbarium des Naturhistorischen Museums Rudolstadt/Heidecksburg |
| SAAR | Universität des Saarlandes |
| * | Herbarium des Naturhistorisches Museum Schloß Bertholdsburg Schleusingen |
| STU | Staatliches Museum für Naturkunde, Stuttgart |
| TUB | Eberhard-Karls-Universität Tübingen |
| UBT | Oekologisch-Botanischer Garten, Bayreuth |
| * | Naturkundliches Bildungszentrum Ulm |
| ULM | Universität Ulm |
| * | Heimatmuseum und Naturalienkabinett der Stadt Waldenburg |
| * | Botanische Sammlung des Goethe-Nationalmuseums, Weimar |
| WB, WBM | Universität Würzburg |
| WIES | Museum Wiesbaden |
| * | Herbarium am Volkskundlichen Museum Wilnsdorf |
| * | Herbarium des Museum Schloß Moritzburg, Zeitz |
| ZVS | Bundesamt für Naturschutz, Bonn (identisch mit BNL) |
